ด้วยความตั้งใจที่จะทำลายล้างเผ่าพันธุ์มนุษย์ องค์กรลับใต้ดิน Shocker จึงวางแผนอย่างลับๆ เพื่อทำให้โลกตกอยู่ในความสับสนวุ่นวาย แต่พวกเขาไม่ได้นับการก่อจลาจลของมนุษย์ทั้งสองที่ “สร้างใหม่” ซึ่งก็คือ Kamen Riders สองปีหลังจากการต่อสู้กับช็อคเกอร์ครั้งแรก ไรเดอร์คนที่ 3 ก็ลุกขึ้นมาเผชิญหน้ากับพวกเขา ซึ่งรู้จักกันในชื่อ “เวอร์ชัน 3” เท่านั้น การมาถึงของคาเมนไรเดอร์คนที่ 3 จะส่งเหล่าฮีโร่เข้าสู่การต่อสู้ที่เลวร้ายที่สุด และชะตากรรมของโลกก็แขวนอยู่บนเส้นด้าย